高允也参与了修史，自然也要受到牵连。而他曾是太子拓跋晃的师傅。太子知道此事后，便想保全高允。特意将他召来，面授机宜道“我当导卿入谒内廷，至尊有问，但依我言，当可免罪。”高允答应得很干脆。谁知真随太子进见皇上时，回答得却全不是一回事。当时，太子让他留在外面，自己先进去见父皇，说高允是个小心谨慎之人，修史的事，全是崔浩作主，与高允并无干系，请贷免高允的死罪。
拓跋焘命太子召高允进去。太子将自己的意思告诉了高允，让他照此回答便可。谁知当皇上问高允：“国史统出崔浩之手么？”高允竟不慌不忙地跪下道：“太祖记是前著作郎邓渊所作，先帝记及今上（指拓跋焘）记，臣与崔浩共著。崔浩但为总裁，至于下笔著述，臣较崔浩为更多。”
拓跋焘顿时盛怒，瞪大眼睛逼视太子道：“允罪比浩为大，如何得生？”
太子也慌忙跪下道：“天威严重，允系小臣，迷乱失次，故有此妄言。臣儿曾向允问明，俱说是由崔浩所为”。
拓跋焘又转向高允道：“太子所陈，是否确实？”