8月31日，双方继续会谈，李鸿章问威妥玛何时提出具体条款时说：“中国办事光景，你也略知，论理八条，已觉过分，你今要添，我亦不能禁止，但必须中国所能答应及我力量所能办到之事，始可商酌。”威妥玛则称过几天即可提出具体条款，又威胁地声称：“但此番所要各条，滇案、优待、通商三事均当包括在内，中堂必须全然答应，此案即可算为完结，不必再说提京一层。若中堂说不能商办，或看得有可商办的有不可商办的，不妨逐条说明，毋庸再议。我即由电线奏报本国请旨定夺，中堂亦可奏明回津。”再次表现出不全部满足其要求便无商议余地的蛮横态度。
9月4日，威妥玛向李鸿章口述了他的全面要求，次日又将汉文书面条款送交李鸿章，条款中除原有的三方面内容外，又强行增加进入西藏等地“探访路程”的专条。有关滇案和优待公使的问题，双方稍经讨论便达成协议。而在“口界”免厘及增开口岸方面，则分歧太大。威妥玛原提出在各口岸“离口百里内外”之处划定免除洋货厘金的界限，李鸿章认为“查各省厘税多在通商口岸百货鳞集之处，若准定子口界，所失过多，断不可行”。而威妥玛所要求增开的口岸数量之多，“长江一带，竟欲一网打尽，用意极为贪狡”。李鸿章与之“反复争论”，“逐日会议”，至9月11日，始达成协议。13日，《烟台条约》正式签字。内容大体分为四个方面。